Il padre della letteratura slovena Primož Trubar, nato in Carniola nel 1508 e noto per aver tradotto la Sacra Bibbia in lingua slovena, fu dapprima sacerdote cattolico e, in seguito, abbracciò la riforma protestante in terra slovena. Egli trovò per la sua attività predicatoria terreno fertile in Gorizia che, nel ‘500, era una piccola città connotata da un tessuto ecclesiastico disorganizzato e di modeste dimensioni. Per far fronte a quest’affermarsi del Protestantesimo in una terra sì sotto il Patriarcato aquileiese, ma non appartenete allo ‘Stato da Tera’ veneziano, fu istituito in città un arcidiaconato. Questo operò in sinergia con i vari ordini religiosi che, via via, si erano instaurati in città: cappuccini, francescani, clarisse, orsoline e la Compagnia di Gesù, fondata dallo spagnolo Ignazio di Loyola a Parigi, nel 1534.
Nel XVI secolo si assiste inoltre all’arrivo in città di una nobiltà feudale asburgica che, per via dell’amenità del luogo e del clima, decise di costruirsi sontuose dimore.
Agli albori del ‘600 questa nuova linfa, il desiderio di portare anche qui la controriforma e di opporsi al protestantesimo indusse dunque i Gesuiti a stabilirsi in città, acquisendo un fondo direttamente affacciato del Trvnik, la piazza centrale della città, e ad aprire un nuovo collegio, per curare l’educazione dei più giovani. Questo collegio, poi, aumentò per spazi e dimensioni grazie anche ai lasciti del barone Johann Baptist Verda von Werdenberg, primo Cancelliere di Corte per l’Alta e Bassa Austria, il cui padre, un legale ticinese, si era trasferito a Gorizia con la famiglia.
Egli, difatti, provvide a stanziare un generoso lascito pecuniario per i giovani seminaristi e a donare un edificio di sua proprietà.
Dopo complesse vicende legate allo scomparso collegio edificato in prossimità della chiesa odierna, nel 1664 fu ultimato il presbiterio della stessa e il 31 luglio del 1680, giorno di Sant’Ignazio, corrispondente alla sua morte, la fabbrica fu solennemente inaugurata.
Poco dopo, però, anche a Gorizia scoppiò l’epidemia di peste e il completamento dell’edificio dovette essere necessariamente rimandato per un lungo periodo: risale difatti al 1722 il completamento della facciata, per opera dell’architetto e pittore Cristoph Tausch, un gesuita laico originario di Innsbruck, mentre affreschi interni e torri campanarie furono definitivamente terminate nel 1727.
La consacrazione definitiva avvenne ad opera dell’arcivescovo Carlo Michele d’Attems.
Egli, quinto figlio di Giovanni Francesco ed Elisabetta Coronini, nacque a Gorizia nel 1711 e ricevette la sua prima educazione probabilmente presso i gesuiti di Gorizia, ai quali era già stata affidata quella del fratello. La sua formazione fu così approfondita ed estesa che, a coronamento della stessa, conobbe la nomina a vescovo titolare di Pergamo. A ciò seguì poi la nomina di primo arcivescovo della neo costituita arcidiocesi di Gorizia e, infine, principe del Sacro Romano Impero.
Difatti, con la bolla Iniuncta Nobis del 17 luglio 1751, il patriarcato fu abolito definitivamente da Benedetto XIV. Nacquero in Friuli due nuove diocesi: quella di Udine, riguardante alla porzione veneta dei destituiti territori patriarcali e quella di Gorizia, per la parte austriaca.
Risparmiata in parte dai pesanti bombardamenti della grande guerra, la chiesa di Sant’Ignazio rimase abbastanza fedele alla primigenia impostazione: fu unicamente demolito il collegio gesuitico adiacente, per far posto alle nuove architetture volute durante il ventennio, anche a parziale sostituzione di quelle demolite dai bombardamenti.
Di notevole interesse il sistema ipogeo di cripte sotto la chiesa, ove riposano numerosi prelati gesuiti e alcuni nobili, dalla fine del ‘600. L’accesso principale è sito in corrispondenza dell’altare principale e da questa botola si accede al complesso, che però non risulta interconnesso con altre cripte presenti sotto la pavimentazione principale, ove riposano alcune personalità di spicco della nobiltà locale del passato.